本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。
这一切都是命运石之门的选择。
寒冷的北海道钏路，可爱的高一新生高桥七美（ささきのぞみ 配音）刚刚入学便结实了英俊帅气被全校绝大多数女生喜欢的矢野元晴（矢崎广 配音）。从最初的心存反感到后来的神思牵挂，七美对元晴的情感也悄悄发生着变化。可是，元晴似乎藏着难以为人道的孤独和忧伤。原来他曾有一个相互爱恋的女友山本奈奈（ゆりん 配音），但是一场事故夺去恋人的生命。终于有一天，七美鼓起勇气向元晴表白，元晴也向这个单纯执著的女孩打开心门。从这一天起，这对恋人以及他们身边所有的好友开始经历着一段交织着苦乐辛酸的青春爱情之旅……
本片根据小畑友纪2004年荣获第50回小学馆漫画赏少女部门嘉奖的少女纯爱漫画《我们的存在》改编。
