这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。
内容包括：新年致词、新年礼物第1弹、一切的开端、第一人、谜之女孩、新年礼物第2弹、牛皮大王、好色厨师、新年礼物第3弹、第二人、冬岛的樱花、剧场版7预告、第7人？然而…、新年礼物应征方法
故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。
草帽海贼团所向披靡，不过却遭遇了食物短缺的困境。众人饿得奄奄一息，不得动弹。路飞独自出行寻找食物，路上遭遇了邪恶的海贼“三日月”加林。加林原打算袭击某个平静祥和的海港小镇，谁想到半路招惹了路飞，结果被一网打尽。来到小镇的路飞被餐馆女孩希路克当作加林攻击，当得知对方只是来寻找食物时，希路克热情地接待了她。这个美丽的女孩有着曲折的身世，15年前这个小镇遭到毁灭性的打击，她作为海贼的孩子被遗弃在这里，而镇上的人民却不计前嫌收养了她。因此，希路克分外感激，决心不计一切保护小镇。
不甘失败的加林率手下追到小镇，一场大战在所难免……
深夜三时正，睡梦中的小朋友被一阵笛声吸引，起来走到屋外，边唱著"三时之妖精"，边循笛声来到飞船上，待船上载满小朋友后，吹笛的妖精便把飞船驶向天上。
一日，内部战士们聚集在真琴家中，学弄曲奇饼。三时了，真琴家中的报时钟响起，一只小鸟弹出叫了三下，真琴於是对众人说起三时之妖精的故事。
豆钉兔拿著她弄的曲奇走到街上，遇到一位美少年。二人谈得很投契，互相自我介绍，那位美少年名叫贝鲁鲁(Peruru)。阿兔也拿著她弄的曲奇去找阿卫，她见到阿卫穿著一件她没见过的衬衫，追问之下，知道是阿卫和豆钉兔一起买的，醋意大起。豆钉兔把她的曲奇送给贝鲁鲁，贝鲁鲁开心的收下，二人挥手道别。
深夜，一阵笛声响起，豆钉兔神情怪异的走了出去。戴安娜叫醒阿兔，阿兔跟著豆钉兔看个究竟。在街上，阿兔遇到出来查看的内部战士，一起去追豆钉兔。她们把豆钉兔打醒之后，想阻止其他小孩上飞船，吹笛少年...
纽约崩坏后，一夜之间便架构成“赫尔沙雷姆兹·罗特”这个城市。在连系着异世界与现世界的这个魔都里，有个为了保持世界的平衡而在暗地里非常活跃的组织——秘密结社莱布拉！！少年雷欧在一连串的巧合下，加入莱布拉，他身上所隐藏的秘密将会对莱布拉造成什么影响…？
漫画家内藤泰弘原作的少年漫画《血界战线》官方同人《血界战线 Back2Back》即将在7月4日推出第5集单行本，初回限定版将附有新OAD动画。
<秘密結社鷹の爪>&DC合作映画<DC超级英雄 VS 鹰爪团>公布海报，并追加了“特别声优”阵容。山田孝之、安田顕、知英加盟，10月21日全国开映。
