故事发生在遥远的未来，彼时的世界被邪恶的马尔戈力达帝国统治，作为领导者，马尔戈力达四世（松野太纪 配音）组织了一支令人闻风丧胆的拔毛部队，为了掩饰自己寸草不生的头顶，他意在将所有的子民们都变成光头。就在这危机时刻，一个名叫波波波（子安武人 配音）的男人站在了马尔戈力达四世的对立面。这个奇怪的男人留着显眼的金黄爆炸头，自称能够听懂毛的语言，并且巧妙的将毛变为了他的武器。
就这样，波波波和马尔戈力达四世的漫长战争开始了。在同伴小美（野中蓝 配音）、东八奇（小野坂昌也 配音）和阳顶天之助（园部启一 配音）等人的帮助下，他能够获得最终的胜利吗？
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
全作故事以莉莉安女子学园的传统为主轴，身为一年级新生的主角 福泽佑巳遇上了二年级的 小笠原祥子，两人在经历重重障碍后成为「姊妹」的关系。故事就围绕著学生会「山百合会」中的朋友和同学们展开。
而第四季的动画内容将紧接著第三季的结尾往后发展，也将忠於原作故事，另外，也确定了第二季的动画 DVD 将在 2009 年 2 月 25 日发售。
新加入的声优包括了 井上麻里奈、川澄绫子和 小山力也，分别饰演作品中的「内藤笙子」、「细川夕子」以及细川可南子的父亲。而原本就已有出演 鸟居江利子的声优 天生目仁美，也将担任新角有马菜菜的配音。
16岁的女孩幸田实果子（穴户留美 配音）有着一颗和刚强外表并不匹配的细腻内心，在不知不觉间，青梅竹马的男孩山口薰（山口胜平 配音）早就将它占据。可是，实果子好强的个性和不善于表达的缺点总是让两人之间的交往充满了误会。在女生及川步（皆口裕子 配音）的干预和撮合下，实果子和薰总算是相互表白了感情。步自己却也有难以解决的感情问题，一直暗恋着田代勇介（森川智之 配音）的她总是因为害羞和内向无法表达。其实，勇介并不是不明白步的心意，只是，在他的眼中只有中须茉莉子（冬马由美 配音），无奈后者一直对于前男友念念不忘。
在矢泽艺术学院里，这群青春洋溢的年轻人们笑着哭着爱着，肆意的挥洒着青春的光芒。无论前路有多么的波折，幸运之神一定会一直庇护着这些善良的人们的。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
黑暗女王复活篇
阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，雪奈复活并从土萌教授那里接回阿萤，去找阿遥和美智留，再次加入战斗。镜之舞孃袭击外部战士四人，仍是婴儿的阿萤被激发出力量，帮助其餘三位外部战士变成为SuperSailorUranus、SuperSailorNeptune和SuperSailorPluto。阿萤经此一役，身体和心智迅速成长，并再度醒觉，成为SuperSailorSaturn。所有美少女战士齐集，集合力量使阿兔变成终极形态Eternal Sailormoon。眾人担心阿卫，赶到他家时，他已被纳美妮...
【剧情简介】
继圣母在上第一季大受欢迎后，日方再接再厉，推出该动画的第2季，继续讲述淑女们在莉莉安优雅的生活。到底佑巳和祥子她们的关系会怎样发展？我们拭目以待。
私立莉莉安女子学院
创立于明治34年，是一所以历史悠久，校风优雅而闻名的名门女子私立学校。在武藏野肥沃的绿地上，坐落着此学院的幼儿园，小学，中学，高中，大学（文学部和家政部），研究生院。彻淑女教育，培育谨慎谦恭，学识丰富，教养好的淑女是这个学校的传统之一。
通往学校的路道两边栽满了樱花树，一进校门，你会看见并排的银杏树，再往前岔道的地方，有着这个学校的标志性建筑——玛利亚像
私立莉莉安女子学院学生的气质
私立莉莉安女子学院，原本是为了贵族的千金而创建的女子天主教学校，专门培养清纯的贵族女孩子。
这个女子学园高年级的同学在相互叫同辈的名字时也不忘加上“某某小姐”的称呼，而在称呼比自己年长的同学...
