多事的追命（郑中基 饰）、铁手（邹兆龙 饰）耍花招，撮合冷血（邓超 饰）、无情（刘亦菲 饰）这对小情人，神侯府上下正其乐融融，空气却传来浓烈的血腥味道，三里之外的城郊老宅，杀人凶案正在发生！
四大名捕前往现场，奋力追凶。
六扇门接获消息，捕神（成泰燊 饰）也带同姬摇花（ 江一燕 饰）等前来了解案情，双方合并追查，发现此案与六扇门早前追查的几宗灭门案有牵连。
悬案未决，六扇门却在碑林发现了捕神的尸体，而此前正是诸葛先生（黄秋生 饰）约捕神在碑林见面，一切线索都指向了诸葛先生。为探明真相，诸葛正我回到碑林查看，没想到却碰到了一位绝迹江湖多年的老朋友。双方对峙之时，四大名捕和六扇门也相继赶到，再生枝节。六扇门将诸葛先生和无情收押天牢。
四大名捕群龙无首，名存实亡。此时，王爷（李子雄 饰）忽访天牢，奉皇上旨意要即刻治无情死罪。铁血大牢之内，一场权力、仇恨、爱...
叶家灭门案还未正式结案，沈琦遗骸竟又引发灵异之事。幸好沈琦表妹——留学多年的物理学家沈玉及时回国，利用量子物理中针对“暗物质”的研究成果，发现原来巫女曲南燕并未死去，还附身到叶家老太太身上。
曲南燕的诡计被识破后，杀害叶老太太并盗走《山海经异术录》重塑身体。复原后的曲南燕更加疯狂，从操纵尸偶袭击众人，到控制叶家镇的镇民成为自己修炼九尾狐的工具。
阿离、包天耀、春翰三人在沈玉的帮助下开始拯救镇民，谁知曲南燕竟控制了阿离最亲的儿时伙伴阿忠，杀害了春翰探长，阿离无奈用狐火烧死阿忠。面对亲人、挚友的死亡，阿离、包天耀、沈玉三人痛苦万分。
此时，叶家镇陷入了空前的危机。沈玉利用阿离血液中的能量发明了暗物质能量枪，阿离和包天耀继续阻止曲南燕将镇上人们变成尸偶，最终阿离以妖丹之力注入暗物质能量枪中战胜曲南燕。
