在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后，得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。 收到小光的电子邮件的大辅他们马上坐飞机来到了美国......
『ビーストウォーズII 超生命体トランスフォーマー』（ビーストウォーズ セカンド ちょうせいめいたいトランスフォーマー。書籍によって、また次回予告では「超生命体トランスフォーマー ビーストウォーズII」）は、前作『ビーストウォーズ 超生命体トランスフォーマー』に引き続き制作されたトランスフォーマーシリーズのアニメ作品。1998年（平成10年）4月から1999年（平成11年）1月までテレビ東京系列で放送。全43話。『ビーストウォーズネオ 超生命体トランスフォーマー』は本作の続編である。
小学生木之本樱（丹下樱 配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸 配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子 配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫 配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子 配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。
随着库洛牌的封印，越来越多的角色出现在了小樱的身边，而他们的真正目的，却还不得而知。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
新世纪之初不久某年的夏天，为了与父亲生活，逢泽步来到了距东京2小时火车车程的小镇。
步是不去上学的中学生。原因不明。似乎和什么样的理由都沾一点边，但又不是那种理由。觉得无论走到哪、无论做什么都无聊的步，来和父亲度过一个夏天，是因为母亲出的主意。双亲在他还小的时候离婚了，他和父亲也4年没有见面了。步并非积极地响应母亲的提案。对毫无朝气的步，妈妈提出要以买个山地自行车为交换条件，让他去和父亲见面。既然话都这么说了，步也不得不打起点精神。
这样步终于到了那个小镇。母亲说步小时曾来过一次，但他一点印象也没有。田菜——在围绕着广阔的水田的山的斜面的，似乎被农家钉子一样点缀着的小盆地。在看见这景象的瞬间，步就后悔来到这里了。因为无论从什么角度怎么看都是不变的田舍，实在是寒酸得要死。
然而，这么想可就大错特错了....
仓田纱南（小田静枝 配音）从小就进入剧团表演，以童星的身份出道，人气十分了得。可是，即使是这样的孩子也有着数不清的烦恼。班上名为羽山秋人（中崎达也 配音）的男生带头反抗老师，使得班级陷入混乱之中，令纱南十分头痛，然而，当纱南得知秋人悲惨的身世和糟糕的家庭状况之后，决心依靠自己的力量来治愈秋人。
佐佐木刚（三泽真弓 配音）是纱南和秋人的朋友，善良的刚不幸遭遇了家庭破裂的悲剧而遭到同学们的嘲笑，就在此时，善良的杉田亚矢（菊地晶子 配音）站了出来，不仅袒护了刚，跟做出了惊人的告白。在不知不觉中，纱南已经深深喜欢上了秋人，然而，当她意识到自己的感情之时，却得知秋人已经开始了和好友松井风花（生驹治美 配音）的交往。
在网路上，突然出现了一只数码蛋，这只蛋破壳后，出生了一只数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……
看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，
缅因猫兽再度开始暴走。
“不能让你诞生在世上…”
从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——
西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。
保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。
随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。
其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——
被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，
却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。
同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…
之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——
