カリブ海に浮かぶ緑の小島で育った少年キッド。動物達に囲まれ、楽しく暮らしていた彼生活は、育ての親である父親が死んだことで一変する。父親は死の床につきながら、キッドに本当父親の正体を明かす。
キッドの本当の父親は、かつて7つの海を征服した大海賊のキャプテンモーガンだったのだ。
その死の直後、キッドはハリケーン号に連れて行かれ、そこでモーガンはすでに死んでしまっていることを聞かされる。
そして、形見として、モーガンの持っていた短剣を手渡される。モーガン亡き後、世界の海を荒らしまわっているのは、ずる賢さで悪名高い海賊虎フグ。モーガンの古くからの部下であった老海賊クラップのすすめもあって、父の後を継いで海賊船ハリケーン号の船長になったキッド。
仲間は老海賊クラップ、やんちゃ娘パール他、多くの海賊仲間と3匹の動物たち。キッドをつけ狙う悪党海賊虎フグフック...
