地球遭到不明生物攻击，经调查是一种外来生物，是外星人利用恐龙基因重组新创的一种残暴复合恐龙，外星人想占领地球，为保卫地球，蓝猫等人奉命前往恐龙时代寻找恐龙基因。来到恐龙时代后，被救助的鸭嘴龙带蓝猫、淘气来到恐龙家族，恐龙家族把他们看作英雄，结下深厚友谊。在鸭嘴龙的帮助之下，暴风雨夜，蓝猫和伙伴们找到了的植食恐龙——副栉龙的家族。霸王龙，在恐龙家族中非常孤单，因为他好杀戮，脾气暴躁，蓝猫一次次救起被霸王龙杀戮的小恐龙。直到一次大泥石流灾难中，霸王龙遇险，蓝猫等舍身救助，霸王龙被感动了，原来他是一个流浪儿，从小就遭到同类排斥，当蓝猫和伙伴们给予他关爱时，他感动了……新的调查任务来了，在见多识广的霸王龙的带领下蓝猫调查小组进入新的地域，遭遇了暴龙……
地球生病了，环境恶化，导致地球资源的告急，人类正面临着一场空前的危机。面对这种情况，人类把希望寄托在资源丰富的海洋，蓝猫、淘气、菲菲、咖喱组成调查小组，带着人类的冀望，深入神秘的海洋世界，寻找资源。然而，当调查小组在神秘莫测的大海里克服重重困难，暂时缓解地球资源危机的时候，更大的问题却出现了。整个海洋世界表现出更加异常的现象，发生在海洋的灾难也一步步加剧。种种异常现象让好问的蓝猫再次深思…… 有了在恐龙时代的经验，蓝猫和伙伴们懂得要与海洋生物友好相处，收集了很多资料，总部得到海洋资料后，立即组织开发利用，一切都显得非常顺利。这时，蓝猫给大家分析一些迹象，告诫大家如果一味盲目开发，会导致更大灾难。但是，大家不相信他。蓝猫找不出有力证据，大家都认为蓝猫是故意捣乱，于是联合起来排斥蓝猫，矛盾愈演愈烈，蓝猫不得不离开集体…… 正当大家以为球危机缓解的时候...
随着2008奥运会的临近,全民迎奥运,中华大地,到处一片运动的热潮,卡通城自然也不甘落后,为了迎接奥运会的到来,普及奥运知识,宏扬奥运精神,一场极具特色的卡运会应运而生,住在卡通城的蓝猫等人组成了金牌蓝猫队,住在运动村的绿猴等人组成了深山老林队,加入了这场竞争的盛会,于是,随着比赛的进行,故事中的蓝猫和他的伙伴们,以及绿猴等选手们由一开始的激烈竞争比赛,逐步进入到你不服我,我不服你的竞技状态,后来,又发展为竞争中有友谊,友谊中有竞争,大家携手共进,共同向前,不知不觉一步步加深了对奥运精神的理解和感悟,最后，故事在蓝猫等人充满希望的笑声中完结……
