《开心超人联盟之英雄归来》将延续上一部的故事展开。超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大危机等着他们：司令寄给大大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大大怪和小小怪更容易侵略星星球！那个神秘的4451是什么意思，也解开了：原来这四个数字竟然是司令寄给大大怪与小小怪用来毁灭星星球的终极武器的代号！
为了应付这个危机，超人也继续在超星学院提升自己的技能，更好地守护这个星球。同时，一直离开的战神伽罗被阿德里星的三位长老救活重生，并在一个名叫阿奇的阿德里星小男孩帮助下重新和小心超人相遇，回到超人的团队，与大家一起并肩作战，共同守护星星球！
在宇宙纪年16902年，浩瀚的宇宙中有一颗”阿德里星”，在那里发现一份威力奇大的特殊能源，为宇宙其他星球所觊觎，几方势力争夺不休。为防止给”阿德里星”带来灾祸，”阿德里星”的历代战神在“地星”建造了一个深海迷城，把能源埋藏其中，更将开启海底迷城的钥匙分成五块碎片，设下五大谜题以阻挡邪恶之人。
4000年以后，现任战神---伽罗和好朋友小心超人为追捕盗窃的怪兽，被引到这个“地星”，还卷入了一件“神秘湖水怪事件”中。期间，他们结识一个正在神秘湖寻找失踪朋友的少女莉莎，并一起解决了水怪之谜。然而，伽罗却发现这一切和阿德里星有千丝万缕的关系，于是，大家踏上了调查五大谜题之旅。
在星星球20903年，嚯哈哈回来协助大大怪和小小怪侵略星星球，嚯哈哈学到一个强大的魔法，这个魔法能让星星球日常生活物件的重要部件消失，从而让这个物品不能使用，由此星星球很多东西的重要部件消失，给人们的生活造成了诸多不便，甚至引发了大混乱，为了让人们的生活恢置正常，宅博士带领以开心超人为首的超人们找到了失踪的重要部件，并重新期作出来。在此过程中，超人们知道了生活中一些日常东西运作背后蕴藏的科学道理，再次挫败了大大怪和小小怪的阴谋
