奥特兄弟：奥特曼、赛文、杰克、艾斯，为了阻止亚波人怨气的集合体最终超兽萨乌鲁斯攻击地球、也为了避免在宇宙空间展开激烈的战争，奥特兄弟与强大的合体兽进行了一番苦战。但隐约感觉到神户将会沉没的奥特兄弟，使用了"最终十字屏障"，封印了这股邪恶力量。可是，使用"最终十字屏障"需要使用大量的光能，这就意味着奥特曼失去了变身的能力。
于是，时光流逝到了现在。在地球上，诞生了一位继承了奥特兄弟意志的新英雄，他的名字就是梦比优斯奥特曼。
大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。
现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。
没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，
平行存在于现实世界中的横浜。
幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。
阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。
把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，
目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。
就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。
他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。
「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」
出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？
随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。
那是曾一度打败赛...
大学生の浅尾幸雄（福士蒼汰）は、世間や他人に無関心でただ漠然と毎日を過ごしていた。
ある夜、不意に天空からの眩い光に包まれると、次の瞬間、取調室で身柄を拘束されていた。容疑は殺人。
まったく身に覚えのない容疑に対して必死に抵抗する幸雄の前に、担当弁護士の紗和子（関めぐみ）が現れる。
彼女によると、幸雄がいるのは２５年後の未来。凶悪犯罪者を過去から連行して処刑する《未来犯罪者消去法》によって公開処刑されるために連行されたのだという。
こうして、未遂の罪によって投獄された幸雄の闘いが始まる。量子コンピュータ《アマテラス》という国民管理システムに支配された未来社会。
幸雄を脱獄させようとする天才ハッカーライズマン（吉沢亮）。それぞれの思惑が交錯するドラマは予想のつかない結末へと走り出す。
紗和子の脳裏に焼きつく、幸雄の笑顔。その意味とは？ 幸雄は元の世界...
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ON...
