在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
佳佑是一个看似冷漠的少年，童年时代的悲惨经历让他选择将感情深深埋藏在心底，并在心房筑起了高墙，可实际上，在他的内心深处，燃烧着热烈的火焰。某日，佳佑和名叫彗星的女孩相遇了，彗星是居住在口琴星国的外星公主，来到地球是为了寻找出逃的铃鼓星国王子。
起初，佳佑对彗星的存在感到十分厌烦，但随着时间的推移，彗星的善良和乐观渐渐融化了佳佑心中的坚冰，两人最终走到了一起。和彗星一起来到地球的还有响板星国公主流星，她在地球邂逅了极富音乐才华的少年金川舜，相处之下两人亦坠入了爱河。
